土地を売る際にかかる税金の基本
土地売却を検討する際、「どんな税金がいくらかかるのか」「売却後の手取り額はどれくらいか」と不安に感じる方は少なくありません。
この記事では、土地売却時にかかる税金の種類、譲渡所得税の計算方法、節税策、確定申告の手続きを、国税庁・国土交通省の公式情報を元に解説します。
土地売却が初めての方でも、税金の仕組みを正確に把握し、手取り額を予測できるようになります。
この記事のポイント
- 土地売却時の税金は「譲渡所得税・住民税」が主で、売却価格ではなく「譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用）」に課税される
- 所有期間5年以下は短期譲渡所得（税率約39.63%）、5年超は長期譲渡所得（税率約20.315%）と、税率が約2倍違う
- 所有期間5年の判定は「売却した年の1月1日時点」で行うため、実質5年10ヶ月保有していても短期譲渡所得になるケースがある
- 居住用財産の3000万円特別控除を活用すれば、大幅に節税可能（マイホームを売却する場合）
- 取得費が不明な場合は「譲渡価額の5%」を概算取得費とするが、税負担が大幅に増えるため購入時の契約書保管が重要
土地売却時に発生する税金は、主に「譲渡所得税・住民税」です。国税庁の公式サイトによると、これらは売却価格そのものではなく、「譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用）」に対して課税されます。
譲渡所得がプラスの場合のみ税金がかかり、譲渡損失（マイナス）の場合は課税されません。ただし、譲渡損失の場合でも、確定申告は必要です。
その他、印紙税（売買契約書）、登録免許税（抵当権抹消）も少額ながら発生します。
| 税金の種類 | 内容 | 課税対象 |
|---|---|---|
| 譲渡所得税 | 国税 | 譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用） |
| 住民税 | 地方税 | 譲渡所得 |
| 印紙税 | 売買契約書に貼付 | 契約書の記載金額に応じて数千円〜数万円 |
| 登録免許税 | 抵当権抹消登記 | 不動産1個につき1,000円 |
譲渡所得税の計算方法（3ステップ）
譲渡所得税の計算は、以下の3ステップで行います。
ステップ1: 譲渡所得の算出
譲渡所得は、売却価格から取得費と譲渡費用を差し引いた金額です。
計算式:
譲渡所得 = 売却価格 − 取得費 − 譲渡費用
- 取得費: 土地を購入した際の価格と購入時にかかった諸費用（仲介手数料、登記費用等）の合計
- 譲渡費用: 土地を売却するためにかかった費用（仲介手数料、測量費、印紙税等）
国税庁の公式サイトによると、取得費が不明な場合は「譲渡価額の5%」を概算取得費として使用できますが、これを使うと実際の取得費より低くなり、譲渡所得が大幅に増加して税負担が重くなります。購入時の売買契約書や領収書を探すことが重要です。
ステップ2: 特別控除の適用
譲渡所得から特別控除を差し引きます。代表的なのは「居住用財産の3000万円特別控除」です。
国税庁の公式サイトによると、マイホームを売却した際、譲渡所得から最大3000万円を控除できます。ただし、以下の要件を満たす必要があります。
- 自己の居住用財産であること
- 過去2年以内に同特例を使っていないこと
- 売主と買主が親族等の特別な関係でないこと
更地の土地を売却する場合、原則として3000万円控除は使えませんが、建物取り壊し後1年以内・駐車場等の貸付けをしていない場合は適用可能です。
ステップ3: 税率の適用
特別控除を適用した後の譲渡所得に、税率を掛けて税額を算出します。税率は所有期間により異なります（後述）。
短期譲渡所得と長期譲渡所得の違い
土地の所有期間により、税率が大きく異なります。
所有期間5年の判定方法
国税庁の公式サイトによると、所有期間5年の判定は「売却した年の1月1日時点」で行います。
例えば、2019年2月1日に購入して2024年12月31日に売却した場合、実質約5年11ヶ月保有していても、2024年1月1日時点では5年未満のため短期譲渡所得となります。この点を見落とすと、予想以上の税負担が発生するリスクがあります。
税率の比較（短期39.63% vs 長期20.315%）
| 所有期間 | 所得税 | 住民税 | 復興特別所得税 | 合計税率 |
|---|---|---|---|---|
| 5年以下（短期） | 30% | 9% | 0.63% | 39.63% |
| 5年超（長期） | 15% | 5% | 0.315% | 20.315% |
（出典: 国税庁）
短期譲渡所得の税率は約39.63%、長期譲渡所得は約20.315%と、約2倍の差があります。所有期間5年超まで待つことで、大幅な節税が可能です。
復興特別所得税の加算
2037年まで復興特別所得税（所得税額×2.1%）が加算されます。このため、総税率は表面税率（短期39%、長期20%）より若干高くなります。
計算例：土地売却時の税額シミュレーション
具体的な計算例を3パターン提示します。
前提条件:
- 購入価格: 3000万円
- 売却価格: 5000万円
- 譲渡費用: 200万円（仲介手数料、測量費等）
- 譲渡所得 = 5000万円 − 3000万円 − 200万円 = 1800万円
ケース1: 短期譲渡所得の場合
所有期間5年以下で売却した場合、税率は39.63%です。
- 譲渡所得税: 1800万円 × 30% = 540万円
- 復興特別所得税: 540万円 × 2.1% = 11.34万円
- 住民税: 1800万円 × 9% = 162万円
- 合計: 約713万円
ケース2: 長期譲渡所得の場合
所有期間5年超で売却した場合、税率は20.315%です。
- 譲渡所得税: 1800万円 × 15% = 270万円
- 復興特別所得税: 270万円 × 2.1% = 5.67万円
- 住民税: 1800万円 × 5% = 90万円
- 合計: 約366万円
所有期間5年超まで待つことで、約347万円（713万円 − 366万円）の節税効果があります。
ケース3: 3000万円控除を適用した場合
居住用財産の3000万円特別控除を適用した場合（マイホームを売却する場合のみ）、譲渡所得から3000万円を控除できます。
- 譲渡所得: 1800万円
- 特別控除: 3000万円
- 課税対象: 0円（1800万円 < 3000万円）
- 合計: 0円
譲渡所得が3000万円以下の場合、税額はゼロになります。ただし、確定申告は必須です。
土地売却時の節税対策
節税策を3つ提示します。
所有期間5年超まで待つ
所有期間5年超まで待つことで、税率が約半分（39.63% → 20.315%）になります。売却を急ぐ必要がない場合、5年超まで待つことを検討してください。
ただし、所有期間5年の判定は「売却した年の1月1日時点」のため、実質5年10ヶ月程度の保有が必要になる場合があります。
3000万円特別控除の活用（居住用財産のみ）
マイホームを売却する場合、居住用財産の3000万円特別控除を活用することで、譲渡所得から最大3000万円を控除できます。
適用要件は以下の通りです。
- 自己の居住用財産であること
- 過去2年以内に同特例を使っていないこと
- 売主と買主が親族等の特別な関係でないこと
- 建物取り壊し後1年以内・駐車場等の貸付けをしていない場合（更地の場合）
更地の土地のみを売却する場合、原則として適用できませんが、上記要件を満たせば適用可能です。
取得費の証明書類を保管する
購入時の売買契約書・領収書を保管し、取得費を正確に計上することで、譲渡所得を抑えられます。
取得費が不明な場合は「譲渡価額の5%」を概算取得費として使用しますが、これを使うと税負担が大幅に増えます。
例えば、5000万円で売却した場合、概算取得費は250万円（5000万円 × 5%）です。実際の取得費が3000万円だった場合、概算取得費を使うと譲渡所得が2750万円増加（3000万円 − 250万円）し、税額が約550万円増加（2750万円 × 20.315%）します。
確定申告の手続きと注意点
土地売却の翌年2月16日〜3月15日に確定申告が必要です。
申告期限（翌年2月16日〜3月15日）
国税庁の公式サイトによると、土地を売却した年の翌年2月16日〜3月15日が申告期限です。期限内に申告しないと、無申告加算税（本来の税額の15-20%）と延滞税が課されます。
必要書類
確定申告に必要な書類は以下の通りです。
- 譲渡所得の内訳書
- 売買契約書の写し
- 取得費・譲渡費用の領収書
- 本人確認書類（マイナンバーカード等）
- 居住用財産の3000万円控除を適用する場合、住民票の写し等
税額ゼロでも申告は必須
特別控除を適用して税額がゼロになる場合でも、確定申告は必須です。確定申告しないと特例が適用されず、後日追徴課税・延滞税が発生するリスクがあります。
複雑なケース（取得費不明、複数特例の併用等）は、税理士への相談を推奨します。
まとめ：土地売却時の税金を正しく理解して節税しよう
土地売却時の税金は、譲渡所得（売却価格−取得費−譲渡費用）に対して課税されます。所有期間5年以下は短期譲渡所得（税率約39.63%）、5年超は長期譲渡所得（税率約20.315%）と、税率が約2倍違うため、所有期間5年超まで待つことで大幅な節税が可能です。
居住用財産の3000万円特別控除を活用すれば、譲渡所得が3000万円以下の場合は税額がゼロになります。取得費が不明な場合は概算取得費（譲渡価額の5%）を使用しますが、税負担が大幅に増えるため、購入時の契約書・領収書を保管することが重要です。
確定申告は翌年2月16日〜3月15日が期限で、税額がゼロでも申告は必須です。複雑なケースは税理士に相談し、最適な選択をしてください。無理のない売却計画を立て、手取り額を正確に把握しましょう。