土地売却時に使える税控除とは：譲渡所得税の負担を減らす方法
土地の売却を検討する際、「どれくらい税金がかかるのか」「税負担を減らす方法はないか」と不安に感じる方は少なくありません。
土地売却時には譲渡所得税・住民税・復興特別所得税が課税されますが、適用要件を満たせば各種控除・特例によって税負担を大きく軽減できる可能性があります。この記事では、土地売却時に使える主要な税控除と特例を、国税庁の公式情報を元に解説します。
初めて土地を売却する方でも、どの控除が使えるか、確定申告の方法が分かるようになります。
この記事のポイント
- 土地売却の税負担は短期譲渡（5年以内）で約39%、長期譲渡（5年超）で約20%と大きく異なる
- 居住用財産の3000万円特別控除は建物付き土地が対象、更地は原則対象外
- 相続した土地は取得費加算の特例（相続開始から3年10か月以内）が使える可能性がある
- 特例で税額ゼロでも確定申告は必須、申告しないと特例が適用されず追徴課税のリスクがある
- 複数の特例の併用制限があり、どちらが有利か税理士への相談が推奨される
土地売却時の税金と控除の基本
土地を売却した際の利益（譲渡所得）には、譲渡所得税・住民税・復興特別所得税が課税されます。国税庁によると、税率は所有期間によって大きく異なります。
税率の違い
| 所有期間 | 区分 | 税率 |
|---|---|---|
| 5年以内 | 短期譲渡所得 | 約39%（所得税30%+住民税9%+復興特別所得税0.63%） |
| 5年超 | 長期譲渡所得 | 約20%（所得税15%+住民税5%+復興特別所得税0.315%） |
譲渡所得は以下の計算式で算出されます。
譲渡所得 = 売却価格 − 取得費 − 譲渡費用
取得費が不明な場合、概算取得費（売却価額の5%）を使用できますが、実際の取得費より低くなり税負担が増えるため、購入時の契約書や領収書を探すことが重要です。
この譲渡所得に対して各種控除・特例を適用することで、税負担を軽減できる可能性があります。
居住用財産の3000万円特別控除
マイホーム（建物＋土地）を売却した際に、所有期間に関係なく譲渡所得から最大3000万円を控除できる特例です。国税庁の公式ページで詳細が解説されています。
3000万円特別控除の適用要件
以下の要件を満たす場合に適用できます。
- 自己の居住用財産（マイホーム）であること
- 売却相手が親族・同族会社等でないこと
- 売却した年の前年・前々年にこの特例を受けていないこと
- 他の特例（軽減税率の特例等）を同時に受けていないこと
建物取り壊し後の土地売却の注意点
建物を取り壊した後の土地売却でも、以下の要件を満たせば3000万円控除が適用可能です。
- 建物の取り壊しから1年以内に売買契約を締結すること
- 取り壊しから売買契約締結までの間、駐車場等の貸付けをしていないこと
この要件を守らないと3000万円控除が適用外になるため、注意が必要です。
重要: 更地の土地（居住用建物なし）は原則として3000万円控除の対象外です。投資用土地・事業用土地も対象外となります。
計算例：3000万円控除を使った場合
ケース: 長期譲渡、譲渡所得4000万円の場合
- 控除なし: 4000万円 × 20% = 800万円の税負担
- 3000万円控除適用後: (4000万円 − 3000万円) × 20% = 200万円の税負担
控除により600万円の節税効果があります。
相続した土地の税控除
相続した土地を売却する場合、以下の2つの特例が使える可能性があります。
取得費加算の特例とは
相続した土地を一定期間内に売却した場合、納付した相続税額の一部を取得費に加算できる特例です。国税庁によると、取得費が増えることで譲渡所得が減り、譲渡所得税を軽減できます。
取得費加算の適用要件と期限
以下の要件を満たす場合に適用できます。
- 相続または遺贈により財産を取得したこと
- その財産を取得した人に相続税が課税されたこと
- 相続開始から3年10か月以内に売却したこと
注意: 期限を過ぎると適用できないため、相続した土地の売却を検討している場合は早めに行動することが重要です。
空き家特例（相続空き家の3000万円控除）
昭和56年5月31日以前に建築された相続空き家を売却した際、一定の要件を満たせば3000万円控除が適用可能です。国土交通省の公式ページで詳細が解説されています。
適用要件
- 昭和56年5月31日以前の建築であること
- 相続開始直前まで被相続人が一人で居住していたこと
- 耐震基準を満たすこと（または建物を取り壊すこと）
- 相続開始から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すること
- 譲渡価額が1億円以下であること
重要: 取得費加算の特例と空き家特例は併用不可です。どちらが有利か税理士に相談することを推奨します。
その他の税控除制度
小規模土地売却時に使える控除制度も存在します。
低未利用土地の100万円控除
国税庁によると、以下の要件を満たす場合、譲渡所得から100万円を控除できます。
- 譲渡価額が500万円以下であること
- 都市計画区域内の土地であること
- 長期譲渡所得（所有期間5年超）であること
- 売却後の土地が利用されること（放置されないこと）
この特例は比較的新しい制度（令和2年7月1日以降の譲渡が対象）であり、小規模土地の流通促進を目的としています。
特定土地区画整理事業等の2000万円控除
公共事業による土地収用の場合、最大2000万円の控除が適用可能です。土地区画整理事業・市街地再開発事業等で土地を譲渡した場合が対象となります。
併用制限: 3000万円控除と他の特例（低未利用土地の100万円控除等）は原則として併用不可です。自分のケースに最も有利な特例を選ぶことが重要です。
確定申告の流れと注意点
土地売却の翌年2月16日〜3月15日に確定申告が必要です。
確定申告の期限と必要書類
必要書類
- 確定申告書（譲渡所得の内訳書）
- 売買契約書の写し
- 取得費・譲渡費用の領収書
- 特例適用のための証明書（住民票、登記事項証明書等）
特例によって必要書類が異なるため、国税庁の公式ページで確認することを推奨します。
特例で税額ゼロでも申告は必須
重要: 3000万円控除等の特例を適用して税額がゼロになる場合でも、確定申告しないと特例が適用されません。後日、追徴課税・延滞税が発生するリスクがあるため、必ず申告してください。
税理士への相談を推奨
以下のような複雑なケースでは、税理士への相談が推奨されます。
- 複数の特例の併用可否が分からない
- 取得費が不明で概算取得費を使うべきか判断できない
- 相続した土地で取得費加算と空き家特例のどちらが有利か分からない
- 事業用土地と居住用土地が混在している
個別具体的な税務相談は税理士の業務範囲であり、正確な判断のためには専門家の助言が重要です。
まとめ：土地売却の税控除を最大限活用しよう
土地売却時に使える主な控除・特例は、居住用財産の3000万円特別控除、相続税の取得費加算の特例、空き家特例、低未利用土地の100万円控除などがあります。居住用財産と非居住用財産、相続土地と一般土地での適用可否の違いを理解することが重要です。
特例を適用して税額がゼロになる場合でも確定申告は必須であり、申告しないと特例が適用されず追徴課税のリスクがあります。
複数の特例の併用制限があるため、自分のケースに最も有利な選択をするには税理士に相談することを推奨します。正確な申告と適切な特例の活用により、税負担を大きく軽減できる可能性があります。