住宅ローン年末調整初年度の手続きと確定申告が必要な理由

公開日: 2025/11/11

住宅ローン年末調整初年度の手続きとは

住宅ローン控除を受ける際、「初年度は年末調整で処理できる」と思っている方は少なくありません。しかし、実際には初年度は確定申告が必須で、年末調整では処理できません。

この記事では、住宅ローン控除の初年度に確定申告が必要な理由、確定申告の具体的な手順、2年目以降の年末調整への切り替え方法を、国税庁の公式情報を元に解説します。

初めて確定申告する方でも、必要な書類と手順を正確に把握できるようになります。

この記事のポイント

  • 住宅ローン控除の初年度は確定申告が必須で、年末調整では処理できない
  • 初年度は税務署が物件情報や住宅ローンの契約内容を確認する必要があり、会社の年末調整では対応不可
  • 確定申告の期限は2月16日〜3月15日、期限後でも5年以内なら還付申告可能
  • 必要書類は登記事項証明書、売買契約書、年末残高証明書、源泉徴収票、計算明細書
  • 2年目以降は税務署から送付される申告書を使って年末調整で処理できる

初年度は確定申告が必須な理由

年末調整では処理できない理由

国税庁によると、住宅ローン控除は初年度のみ確定申告が必須です。これは、初年度は税務署が以下の事項を確認する必要があるためです。

  • 物件の所在地・面積・取得年月日
  • 住宅ローンの借入金額・返済期間
  • 居住開始年月日
  • 控除要件の充足(床面積50㎡以上、借入期間10年以上等)

これらの確認には登記事項証明書や売買契約書等の原本の提出が必要であり、会社の年末調整では処理できません。

2年目以降は年末調整可能

初年度に確定申告を行うと、税務署が物件情報や住宅ローンの契約内容を登録します。2年目以降は、税務署から「住宅借入金等特別控除申告書」(10年分または13年分がまとめて送付)が送られてきます。

この申告書と金融機関から送付される「年末残高等証明書」を会社に提出することで、2年目以降は年末調整で住宅ローン控除を受けられます。

確定申告の手順と必要書類

必要書類の準備(登記事項証明書、売買契約書、残高証明書、源泉徴収票)

国税庁によると、住宅ローン控除の確定申告には以下の書類が必要です。

書類名 取得先 費用 取得時期
登記事項証明書(全部事項証明書) 法務局またはオンライン 600円/通(窓口)
500円/通(オンライン)
物件取得後すぐ
売買契約書または請負契約書の写し 不動産会社・建築会社 無料(写し可) 契約時に受領
年末残高等証明書 金融機関 無料 10月〜12月に郵送
源泉徴収票 勤務先 無料 12月〜1月に配布
(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額の計算明細書 国税庁ウェブサイト 無料 ダウンロード可能

住宅の区分により追加書類が必要な場合:

  • 認定長期優良住宅・認定低炭素住宅: 認定通知書の写し
  • 中古住宅: 耐震基準適合証明書または既存住宅売買瑕疵保険の付保証明書
  • 増改築: 増改築等工事証明書

住宅金融支援機構の公式サイトでは、必要書類のチェックリストが提供されています。

e-Taxでの申告方法(スマホ・PCから可能)

確定申告はe-Tax(国税庁のオンライン申告システム)または書面で行えます。e-Taxがおすすめの理由は以下の通りです。

  • スマホ・PCから申告可能: 税務署に行く必要なし
  • 還付が早い: 通常3週間程度(書面は1〜2ヶ月)
  • マイナンバーカードで簡単: カードリーダー不要(スマホで読み取り可能)

e-Taxでの申告手順:

  1. 国税庁の確定申告書等作成コーナーにアクセス
  2. 「作成開始」→「e-Taxで提出」を選択
  3. マイナンバーカードでログイン(またはID・パスワード方式)
  4. 画面の指示に従って必要事項を入力
  5. 必要書類をPDF等でアップロード
  6. 送信

書面申告の場合は、税務署窓口または郵送で提出します。

確定申告の期限(2月16日〜3月15日)と忘れた場合の対処法

確定申告の期限は毎年2月16日〜3月15日です(土日の場合は翌平日)。

もし期限を過ぎてしまった場合でも、還付申告として5年以内なら確定申告が可能です。ただし、還付が遅れるため、期限内に申告することをおすすめします。

期限後申告の場合:

  • ペナルティ(加算税)は発生しない(還付申告のため)
  • 還付金の受取が遅れる
  • 翌年以降の住宅ローン控除に影響はない

2年目以降の年末調整

住宅借入金等特別控除申告書の書き方

初年度の確定申告を行うと、翌年10月頃に税務署から「住宅借入金等特別控除申告書」が送付されます(10年分または13年分がまとめて送付)。

国税庁によると、申告書の記入項目は以下の通りです。

  1. 住宅借入金等の年末残高: 金融機関から送付される「年末残高等証明書」の金額を記入
  2. 控除額: 年末残高の0.7%(上限あり)を記入
  3. その他必要事項: 氏名・住所等

申告書の裏面に記入例が記載されているため、初めての方でも記入できます。

年末残高等証明書の提出

金融機関から送付される「年末残高等証明書」を、住宅借入金等特別控除申告書と一緒に会社に提出します。

年末残高等証明書は、通常10月〜12月に金融機関から郵送されます。もし紛失した場合は、金融機関に再発行を依頼してください(再発行は有料の場合があります)。

会社が年末調整で控除を処理するため、2年目以降は確定申告不要です。

まとめ

住宅ローン控除は初年度のみ確定申告が必須で、2年目以降は年末調整で処理できます。初年度は税務署が物件情報や住宅ローンの契約内容を確認するため、会社の年末調整では対応できません。

確定申告の期限は2月16日〜3月15日です。必要書類(登記事項証明書、売買契約書、年末残高証明書、源泉徴収票、計算明細書)を早めに準備し、e-Taxでの申告を検討してください。e-Taxなら還付も早く、税務署に行く手間も省けます。

2年目以降は税務署から送付される申告書を会社に提出するだけで、年末調整で控除を受けられます。初年度の確定申告を忘れずに行い、住宅ローン控除のメリットを最大限に活用しましょう。

よくある質問

Q1なぜ初年度だけ確定申告が必要なのですか?

A1初年度は税務署が物件情報(所在地・面積・取得年月日)や住宅ローンの契約内容(借入金額・返済期間)を確認する必要があり、これには登記事項証明書や売買契約書等の原本提出が必要です。会社の年末調整ではこれらの確認ができないため、初年度のみ確定申告が必須となります。2年目以降は税務署が情報を登録済みのため、税務署から送付される申告書を会社に提出することで年末調整で処理できます。

Q2確定申告の期限を過ぎてしまったらどうなりますか?

A2期限(3月15日)を過ぎても、5年以内なら還付申告として確定申告が可能です。還付申告のため、ペナルティ(加算税)は発生しません。ただし、還付金の受取が遅れるため、期限内に申告することをおすすめします。期限後申告でも翌年以降の住宅ローン控除には影響しません。必要書類を揃えて税務署に相談してください。

Q32年目以降も確定申告する必要がありますか?

A3いいえ、2年目以降は年末調整で処理できます。初年度の確定申告後、税務署から「住宅借入金等特別控除申告書」(10年分または13年分がまとめて送付)が送られてきます。この申告書と金融機関から送付される「年末残高等証明書」を会社に提出することで、年末調整で控除を受けられます。2年目以降は確定申告不要です。

Q4e-Taxと書面申告、どちらがおすすめですか?

A4e-Taxがおすすめです。スマホやPCから申告でき、還付も早い(通常3週間程度、書面は1〜2ヶ月)というメリットがあります。マイナンバーカードがあればカードリーダー不要で、スマホで読み取り可能です。税務署に行く手間も省けるため、初めて確定申告する方にもe-Taxの利用をおすすめします。国税庁の確定申告書等作成コーナーから簡単に申告できます。