投資用新築マンション売却の確定申告｜減価償却と税計算ガイド

投資用新築マンション売却時に確定申告が必要になるケース

投資目的で新築マンションを購入・賃貸運用し、その後売却した場合、譲渡所得が発生すれば確定申告が必要です。投資用不動産は居住用財産ではないため、3,000万円特別控除が適用できません。そのため、税負担が大きくなる可能性があります。

特に重要なのは、不動産所得で既に減価償却した分を建物の取得費から差し引く必要がある点です。償却が進んでいるほど取得費が減り、譲渡所得（課税対象）が増える仕組みです（国税庁「譲渡所得の概要」）。

また、所有期間5年以内の売却では短期譲渡所得として税率39.63%が適用されます。この記事では、投資用新築マンション売却時の確定申告について、減価償却の取扱いから必要書類まで徹底解説します。

この記事でわかること

投資用マンション売却時の確定申告が必要なケース
減価償却後の取得費計算方法
事業所得（不動産所得）との分離申告
投資用不動産の特例と制限（3,000万円控除不可）
確定申告に必要な書類と記入手順

1. 投資用新築マンション売却の確定申告が必要なケース

(1) 譲渡所得がプラスになる場合

投資用不動産の譲渡所得計算式：

譲渡所得 = 譲渡価額 - (取得費 + 譲渡費用)

取得費の注意点：建物の取得費は、不動産所得で既に償却した減価償却費の累計額を差し引いた金額を使用します。

(2) 賃貸開始前と賃貸中の違い

ケース	取扱い
購入後すぐ売却（未賃貸）	減価償却なし、購入価格がそのまま取得費
賃貸運用後に売却	不動産所得で償却した分を取得費から差し引く

賃貸運用していた期間が長いほど、減価償却費の累計額が大きくなり、譲渡所得が増えます。

2. 譲渡所得の計算方法と減価償却の取扱い

(1) 取得費の計算（不動産所得で償却済み分の反映）

ステップ1：購入時の取得費

土地・建物の購入代金
仲介手数料
登記費用

ステップ2：減価償却費の累計額を差し引く

新築マンション（鉄筋コンクリート造）の減価償却：

事業用耐用年数：47年
償却率：0.022

年間減価償却費 = 建物購入価額 × 0.9 × 0.022
累計減価償却費 = 年間減価償却費 × 賃貸運用年数
取得費（建物部分）= 建物購入価額 - 累計減価償却費

（出典：国税庁「減価償却資産の償却率表」）

計算例：

建物購入価額：4,000万円
賃貸運用期間：5年

年間減価償却費 = 4,000万円 × 0.9 × 0.022 = 79.2万円
累計減価償却費 = 79.2万円 × 5年 = 396万円
取得費（建物部分）= 4,000万円 - 396万円 = 3,604万円

(2) 建物と土地の按分方法

売買契約書に土地と建物の価格が分かれて記載されていない場合：

固定資産税評価額の比率で按分
不動産鑑定評価額を利用

按分例：

購入価格：5,000万円
固定資産税評価額：土地1,000万円・建物2,000万円

建物の割合 = 2,000万円 ÷ 3,000万円 = 66.7%
建物購入価額 = 5,000万円 × 66.7% = 3,335万円

(3) 短期譲渡（5年以内）と長期譲渡の税率差

所有期間は「譲渡年の1月1日時点」で判定します。

所有期間	区分	税率
5年以下	短期譲渡所得	39.63%（所得税30.63% + 住民税9%）
5年超	長期譲渡所得	20.315%（所得税15.315% + 住民税5%）

税額の差（譲渡所得1,000万円の場合）：

短期譲渡：1,000万円 × 39.63% = 約396万円
長期譲渡：1,000万円 × 20.315% = 約203万円
差額：約193万円

3. 事業所得（不動産所得）との分離申告

(1) 譲渡所得は分離課税

投資用マンションの売却益は、分離課税の譲渡所得として申告します。

不動産所得（賃貸収入）：総合課税
譲渡所得（売却益）：分離課税

確定申告書第三表（分離課税用）を使用します。

(2) 青色申告・白色申告との関係

不動産所得で青色申告をしている場合でも、譲渡所得の申告方法に違いはありません。

青色申告特別控除：不動産所得にのみ適用（譲渡所得には適用なし）

(3) 繰越欠損金の活用

不動産所得で過去に赤字（繰越欠損金）がある場合：

青色申告の場合：繰越欠損金を不動産所得から控除可能
ただし、譲渡所得とは損益通算不可

譲渡所得と不動産所得は別個の所得として計算されます。

4. 投資用不動産の特例と制限

(1) 3,000万円特別控除は適用不可

投資用（賃貸用）不動産には、居住用財産の3,000万円特別控除は適用できません（国税庁「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除」）。

例外：過去に自分で住んでいた期間がある場合、以下の要件を満たせば適用可能性あり：

住まなくなってから3年後の12月31日までに売却
賃貸期間中も一定の要件を満たす

(2) 居住用との税務の違い

項目	居住用	投資用
3,000万円控除	適用可能	適用不可
軽減税率（10年超所有）	適用可能	適用不可
買換え特例	適用可能	適用不可

投資用不動産は優遇措置がないため、税負担が大きくなります。

(3) 消費税課税事業者の場合の扱い

事業的規模（おおむね5棟10室以上）で賃貸業を行っている場合：

建物の売却代金に消費税が課税される
土地の売却は非課税

消費税の納税義務がある場合は、売却年の消費税申告も必要です。

5. 必要書類の準備と確定申告書の記入手順

(1) 売却時に必要な書類一覧

書類	取得先
確定申告書（第一・二・三表）	国税庁ウェブサイト
譲渡所得の内訳書	国税庁ウェブサイト
売買契約書のコピー	自分で保管
取得時の売買契約書・領収書	自分で保管
登記事項証明書	法務局
減価償却費の計算明細	不動産所得の申告書から転記
仲介手数料・測量費等の領収書	自分で保管

（出典：国税庁「確定申告書等作成コーナー（譲渡所得）」）

(2) 確定申告書第三表の記入ポイント

主な記入項目：

譲渡価額（売却価格）
取得費（減価償却後）
譲渡費用
短期・長期の区分

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると、画面の指示に従って入力できます。

(3) 譲渡所得の内訳書の書き方

譲渡所得の内訳書には、以下を詳細に記入します：

売却した物件の所在地・面積
譲渡価額の内訳（土地・建物）
取得費の内訳（購入価格・減価償却累計額）
譲渡費用の内訳

6. よくあるトラブルと対処法

(1) 減価償却計算のミス

よくある誤り：

不動産所得で償却した分を反映しない
非事業用の耐用年数（70年）を使ってしまう（正しくは47年）

対策：

過去の確定申告書（不動産所得）を確認
減価償却費の累計額を正確に計算

(2) 申告漏れのペナルティ

確定申告を忘れた場合（出典：国税庁「確定申告を忘れたとき（期限後申告）」）：

無申告加算税：15-20%
延滞税：年利約9%

期限後でもできるだけ早く申告すべきです。

(3) 投資用か居住用かの判定誤り

グレーゾーン：

購入後すぐ賃貸に出した（自己居住なし）→ 投資用
数年間自己居住後に賃貸転用 → 条件次第で居住用特例の可能性

判断に迷う場合は、税務署または税理士に相談しましょう。

まとめ

投資用新築マンション売却時の確定申告では、以下のポイントを押さえましょう：

3,000万円特別控除は適用不可（投資用のため）
不動産所得で既に償却した減価償却費を取得費から差し引く
所有期間5年以内は短期譲渡（税率39.63%）
譲渡所得は分離課税、不動産所得とは別個に申告
消費税課税事業者の場合、建物売却に消費税が課税

確定申告書第三表と譲渡所得の内訳書を用意し、売買契約書・登記事項証明書・減価償却費の計算明細などの必要書類を揃えて申告期限内に提出しましょう。減価償却計算や税額シミュレーションに不安がある場合は、税理士に相談することをおすすめします。

FAQ

Q1. 投資用マンションでも3,000万円控除は使えますか？

投資用（賃貸用）不動産には3,000万円特別控除は適用できません。居住用財産の要件を満たさないためです。ただし、過去に自分で住んでいた期間がある場合は、住まなくなってから3年以内の売却など一定要件を満たせば適用可能性があります。

Q2. 不動産所得で減価償却した分は譲渡所得でどう扱いますか？

不動産所得で既に償却した減価償却費の累計額を、建物の取得費から差し引きます。償却が進んでいるほど取得費が減り、譲渡所得（課税対象）が増える仕組みです。過去の確定申告書で減価償却費の累計額を確認しましょう。

Q3. 新築マンションを購入3年後に売却する場合、短期譲渡税率が適用されますか？

所有期間5年以内のため短期譲渡所得（税率39.63%）が適用されます。居住用の3,000万円控除が使えない投資用では税負担が大きくなります。5年超保有すれば長期譲渡所得（税率20.315%）になり、税率が約半分になります。

Q4. 確定申告を忘れた場合のペナルティはありますか？

無申告加算税（15-20%）と延滞税（年利約9%）が課されます。期限後申告でもできるだけ早く申告すべきです。正当な理由がある場合は無申告加算税が免除される可能性もあるため、税務署に相談しましょう。