転勤で新築マンションを売却したときの確定申告を完璧に理解する
転勤で新築マンションを売却する場合、居住期間が短くても一定の要件を満たせば3,000万円特別控除が適用できます。ただし、所有期間5年以内の短期譲渡なら税率39.63%と高額な税負担が発生するため、控除の適用が重要です。転勤による「やむを得ない事情」の証明や、単身赴任と家族帯同での居住実態判定など、転勤特有の注意点があります。
この記事でわかること
- 転勤による新築マンション売却時の確定申告が必要なケースと申告期限
- 譲渡所得の計算方法（取得費の減価償却・短期譲渡税率の影響）
- 転勤時の3,000万円特別控除の適用要件と「やむを得ない事情」の証明
- 単身赴任と家族帯同での居住実態判定の違い
- 転勤後に賃貸に出した場合の3,000万円控除の適用可否
転勤売却新築マンションの確定申告が必要なケース
譲渡所得がプラスになる場合
新築マンションを売却して譲渡所得（利益）が発生した場合、確定申告が必要です（国税庁「譲渡所得の概要」より）。
譲渡所得 = 売却価格 - 取得費 - 譲渡費用
新築マンションの場合、購入後数年での売却になるため、減価償却費が少なく、取得費が高めになります。そのため、譲渡所得が出にくい傾向がありますが、購入価格より高く売れた場合は譲渡所得が発生します。
特例適用で税額ゼロでも申告が必要
重要：3,000万円特別控除を適用して税額がゼロになる場合でも、確定申告は必須です。
申告しないと特例が適用されず、本来なら非課税だった譲渡所得に課税されてしまいます。申告期限は売却した年の翌年2月16日～3月15日です。
譲渡所得の計算方法と短期譲渡税率の影響
取得費の計算と減価償却
新築マンション（鉄筋コンクリート造）の取得費は、以下のように計算します。
取得費に含められる費用
- 購入代金（土地・建物）
- 購入時の仲介手数料
- 登記費用（登録免許税・司法書士報酬）
- 不動産取得税
建物の減価償却
減価償却費 = 建物購入価格 × 0.9 × 償却率 × 経過年数
鉄筋コンクリート造マンションの償却率：0.015（非事業用、耐用年数70年）
計算例
購入価格5,000万円（建物3,000万円、土地2,000万円）、所有期間3年の場合
- 建物の減価償却費：3,000万円 × 0.9 × 0.015 × 3年 = 約121万円
- 建物の取得費：3,000万円 - 121万円 = 2,879万円
- 土地の取得費：2,000万円（減価償却なし）
- 合計取得費：2,879万円 + 2,000万円 = 4,879万円
譲渡費用に含められる費用
売却のために直接かかった費用が譲渡費用です。
譲渡費用として認められる主な項目
- 仲介手数料
- 印紙税（売買契約書）
- 登記費用（抵当権抹消等）
譲渡費用として認められない項目
- 修繕費・リフォーム費用（売却のためでない）
- 引越し費用
- 転勤に伴う移動費用
- 固定資産税・管理費
短期譲渡（5年以内）と長期譲渡の税率差
転勤で新築マンションを購入後数年で売却する場合、所有期間5年以内の短期譲渡になることが多いです。
| 区分 | 所有期間 | 税率 |
|---|---|---|
| 短期譲渡所得 | 5年以下 | 39.63%（所得税30.63%+住民税9%） |
| 長期譲渡所得 | 5年超 | 20.315%（所得税15.315%+住民税5%） |
所有期間の判定：譲渡した年の1月1日時点で5年超か否かで判定します（国税庁「短期譲渡所得と長期譲渡所得」より）。
例：2021年7月購入、2024年6月売却の場合 → 2024年1月1日時点で2年6ヶ月 → 短期譲渡（税率39.63%）
税額計算例
譲渡所得1,000万円の場合
- 短期譲渡：1,000万円 × 39.63% = 約396万円
- 長期譲渡：1,000万円 × 20.315% = 約203万円
短期譲渡は税率が約2倍になります。ただし、居住用財産なら3,000万円控除で大部分の税負担を軽減可能です。
転勤売却で使える3000万円特別控除
居住用財産の要件
3,000万円特別控除は、自分が住んでいた居住用財産を売却した場合に適用できます（国税庁「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円特別控除」より）。
主な要件
- 自分が住んでいた住宅であること
- 住まなくなってから3年後の12月31日までに売却
- 売却先が配偶者や親子など特別な関係でないこと
- 前年・前々年に同特例を適用していないこと
転勤で新築マンションを購入後すぐに売却する場合でも、実際に居住していれば適用可能です。
住まなくなってから3年以内の売却
転勤で転居後も、住まなくなってから3年後の12月31日までに売却すれば3,000万円控除が適用できます。
例：2023年4月に転勤で転居 → 2026年12月31日までに売却すれば適用可能
転勤後に賃貸に出していた場合でも、この期限内なら適用できます（後述）。
やむを得ない事情の証明書類
転勤による売却は「やむを得ない事情」に該当しますが、3,000万円控除の適用には特別な証明書類は不要です。
ただし、税務署から問い合わせがあった場合に備えて、以下の書類を保管しておくことをお勧めします。
- 会社発行の転勤辞令書
- 転勤命令書
- 転勤に伴う異動通知書
これらは必須書類ではありませんが、居住実態を証明する補助資料として有効です。
単身赴任と家族帯同での居住実態判定
配偶者等が引き続き居住する場合
転勤で単身赴任し、配偶者等が引き続きマンションに居住している場合、居住用財産として扱われます（国税庁「転任の命令等により居住しないこととなった場合の3,000万円特別控除」より）。
単身赴任中の売却
- 配偶者や子供が引き続き居住 → 居住用財産として3,000万円控除適用可能
- 転勤者本人が単身赴任中でも問題なし
転勤の命令等による特例
転勤の命令等により配偶者等と離れて単身赴任した場合、配偶者等が引き続き居住していれば、本人が住んでいなくても居住用財産として扱われます。
適用条件
- 転勤等のやむを得ない事情で単身赴任
- 配偶者、子供、親等が引き続き居住
- 本人が再び居住する意思がある
家族全員で転居した場合の扱い
家族全員で転勤先に転居した場合、転居後は「住まなくなった日」からカウントされます。
3,000万円控除の期限
- 転居日：2023年4月1日
- 控除適用期限：2026年12月31日まで
この期間内に売却すれば、3,000万円控除が適用できます。
必要書類の準備と確定申告書の記入手順
売却時に必要な書類一覧
基本書類
- 確定申告書第一表・第二表・第三表（分離課税用）
- 譲渡所得の内訳書
- 給与所得の源泉徴収票（転勤先の会社から受領）
添付書類
- 売買契約書の写し（今回の売却）
- 売買契約書の写し（購入時）
- 仲介手数料の領収書
- 登記事項証明書（謄本）
転勤辞令等の証明書類
3,000万円控除の特例適用には、転勤辞令等の証明書類は必須ではありません。
ただし、税務署から問い合わせがあった場合に備えて、以下を保管してください。
- 会社発行の転勤辞令書
- 転勤命令書
- 住民票（転居前・転居後）
確定申告書第三表の記入ポイント
譲渡所得は分離課税のため、確定申告書第三表（分離課税用）を提出します。
記入手順
- 譲渡所得の内訳書を作成（売却価格・取得費・譲渡費用を記入）
- 第三表に譲渡所得を記入（短期・長期を区分）
- 3,000万円控除を記入
- 控除後の譲渡所得を計算
- 税額を計算
- 第一表に給与所得と合算した税額を記入
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すると、画面の指示に従って入力するだけで自動計算されます。
賃貸転用後の売却との税務違い
転勤後に賃貸に出した場合
転勤後に新築マンションを賃貸に出してから売却する場合、住まなくなってから3年後の12月31日までに売却すれば3,000万円控除が適用できます。
例：2023年4月に転勤で転居、賃貸に出す → 2026年12月31日までに売却すれば適用可能
ただし、賃貸期間が長いと居住用財産の要件を満たさない可能性があります。期限管理が重要です。
賃貸期間がある場合の3000万円控除
賃貸期間がある場合でも、転居後3年以内の売却なら3,000万円控除が適用できます。
計算例
- 居住期間：2年
- 賃貸期間：2年
- 転居後3年以内に売却 → 3,000万円控除適用可能
賃貸収入があった期間も、転居後3年以内なら問題ありません。
住宅ローン控除との併用制限
新築マンション購入時に住宅ローン控除を受けていた場合、売却時の3,000万円控除との関係に注意が必要です。
制限内容
- 3,000万円控除を適用すると、新たに購入する住宅の住宅ローン控除が3年間使えない（売却年の前後2年間）
転勤で新たに住宅を購入する予定がない場合は、この制限は影響しません。
まとめ
転勤で新築マンションを売却する場合、所有期間が短くても3,000万円特別控除が適用できます。ただし、短期譲渡（5年以内）は税率39.63%と高額なため、控除の適用が重要です。
重要ポイント
- 転勤による売却でも3,000万円特別控除が適用可能
- 単身赴任で配偶者等が居住していれば居住用財産として扱われる
- 転居後3年以内の売却なら、賃貸に出していても控除適用可能
- 短期譲渡（5年以内）は税率39.63%だが、控除で大部分の税負担を軽減できる
- 転勤辞令等の証明書類は必須ではないが、保管推奨
- 確定申告は翌年2月16日～3月15日が期限（厳守）
控除後の所得がゼロでも確定申告は必須です。国税庁の確定申告書等作成コーナーを活用すれば、e-Taxで自分でも申告可能です。転勤で忙しい中でも、オンラインで場所を選ばず申告できます。
よくある質問
Q1. 転勤で単身赴任中にマンションを売却する場合、3000万円控除は使えますか？
A. 配偶者等が引き続き居住していれば3,000万円控除を適用可能です。転勤の命令等による特例で、家族が住んでいる間は居住用財産として扱われます。転勤者本人が単身赴任中でも問題ありません。会社発行の転勤辞令書等を保管しておくと安心です。
Q2. 転勤後に賃貸に出してから売却した場合、3000万円控除は使えますか？
A. 住まなくなってから3年後の12月31日までに売却すれば適用可能です。ただし賃貸期間が長いと居住用財産の要件を満たさない可能性があります。期限管理が重要です。転居日を起点に3年以内の売却を目指してください。
Q3. 新築マンションを購入2年後に転勤で売却する場合、短期譲渡税率が適用されますか？
A. 所有期間5年以内のため短期譲渡（税率39.63%）が適用されます。ただし居住用財産なら3,000万円控除で大部分の税負担を軽減可能です。控除後の譲渡所得に対してのみ課税されるため、譲渡所得が3,000万円以下なら税額はゼロになります。
Q4. 転勤辞令の証明書類は必要ですか？
A. 3,000万円控除の特例適用には不要ですが、税務署から問い合わせがあった場合に備えて保管推奨です。会社発行の転勤辞令書・転勤命令書等が有効です。これらは居住実態を証明する補助資料として役立ちます。転勤が事実であることを示す書類を保管してください。