住み替えによる新築戸建ての売却では、譲渡所得税が発生する可能性があり、確定申告が必要になります。本記事では、譲渡所得の計算方法、利用できる特例の選択基準、住み替え先の住宅ローン控除との関係、確定申告の手続きと必要書類について、実務的な視点で解説します。
この記事のポイント:
- 譲渡所得は売却価格から取得費・譲渡費用を差し引いて計算
- 3,000万円特別控除と買換え特例は選択制で併用不可
- 3,000万円控除を使うと新居の住宅ローン控除が3年間使えない
- 買換え特例は課税繰延で将来売却時に課税される
- 確定申告は売却翌年の2月16日〜3月15日に実施
1. 住み替え売却時の税金計算
(1) 譲渡所得の計算式
住み替えによる新築戸建て売却時の譲渡所得は、国税庁の譲渡所得計算ガイドに基づき、以下の式で算出します。
譲渡所得 = 売却価格 - （取得費 + 譲渡費用）
譲渡所得がプラスの場合、譲渡所得税・住民税が課税されます。マイナスの場合は課税されませんが、特例により他の所得と損益通算できる場合があります。
(2) 取得費・譲渡費用の範囲
取得費に含まれるもの:
- 土地・建物の購入代金
- 建築代金 -購入時の仲介手数料
- 登録免許税、不動産取得税
- 購入時の測量費、解体費
建物の減価償却:
新築戸建ての場合、建物部分は減価償却を行います。木造住宅の場合、耐用年数33年、償却率0.031で計算します。
譲渡費用に含まれるもの:
- 仲介手数料
- 印紙税
- 測量費、解体費（売却のため）
- 立退料
(3) 所有期間による税率の違い
譲渡所得税の税率は、売却年の1月1日時点での所有期間により異なります。
| 所有期間 | 税率（所得税+住民税） | 判定基準 |
|---|---|---|
| 短期譲渡所得（5年以下） | 39.63% | 売却年の1月1日時点で5年以下 |
| 長期譲渡所得（5年超） | 20.315% | 売却年の1月1日時点で5年超 |
注意: 判定日は「売却年の1月1日」です。例えば2020年3月に購入した物件を2025年4月に売却する場合、2025年1月1日時点では所有期間は4年10ヶ月となり、短期譲渡所得となります。
2. 住み替え売却で利用できる特例
(1) 3,000万円特別控除
国税庁の3,000万円特別控除ガイドによれば、マイホーム（居住用財産）を売却した際、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる特例です。
適用要件:
- 自己が居住していた住宅とその敷地の売却
- 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までの売却
- 売却先が配偶者や親子など特別な関係者でないこと
- 前年・前々年に同特例を利用していないこと
メリット:
- 譲渡益3,000万円まで非課税
- 所有期間の制限なし（短期譲渡でも適用可）
デメリット:
- 新居の住宅ローン控除と併用不可（売却年と前後2年の計5年間）
(2) 買換え特例
国税庁の買換え特例ガイドによれば、一定要件を満たす場合、譲渡益の課税を買替先売却時まで繰延できる制度です。
適用要件:
- 売却年の1月1日時点で所有期間10年超
- 居住期間10年以上
- 売却価格1億円以下
- 買替先の床面積50㎡以上、土地面積500㎡以下
- 売却前年から翌年までに買替先を取得し、翌年末までに居住
メリット:
- 譲渡益の課税を先送りできる
- 住み替え先の住宅ローン控除と併用可能
デメリット:
- 将来買替先を売却する際に繰延分が課税される
- 所有期間・居住期間の要件が厳格
(3) どちらを選ぶべきか
特例選択は譲渡益の大きさ、新居でのローン利用有無、将来の売却予定により判断します。
| 状況 | 推奨特例 | 理由 |
|---|---|---|
| 譲渡益3,000万円以下 | 3,000万円控除 | 非課税で完結 |
| 譲渡益3,000万円超、新居ローン利用 | 買換え特例 | 住宅ローン控除と併用可 |
| 譲渡益3,000万円超、新居現金購入 | 3,000万円控除 | 非課税枠が大きい |
| 将来も住み替え予定 | 買換え特例 | 課税繰延を継続できる |
重要: 3,000万円控除を選択すると、新居購入後の住宅ローン控除が売却年と前後2年間（計5年間）使えません。住宅ローン控除は年間最大21万円（認定住宅の場合）なので、5年間で最大105万円の控除機会を失う可能性があります。
3. 住み替え先の住宅ローン控除
(1) 特例との併用制限
住み替え先で住宅ローンを利用する場合、国税庁の住宅ローン控除ガイドに基づき、以下の併用制限があります。
| 売却時の特例 | 住宅ローン控除 | 併用可否 |
|---|---|---|
| 3,000万円特別控除 | × | 売却年と前後2年間は併用不可 |
| 買換え特例 | ○ | 併用可能 |
| 譲渡損失の損益通算 | ○ | 併用可能 |
計画例:
2024年に旧居を売却し3,000万円控除を適用した場合、2022年〜2026年の5年間は新居の住宅ローン控除が使えません。
(2) 適用要件の確認
住み替え先で住宅ローン控除を受けるには、以下の要件を満たす必要があります。
- 取得から6ヶ月以内に入居し、12月31日まで居住
- 床面積50㎡以上（新築の場合、合計所得1,000万円以下なら40㎡以上）
- 借入期間10年以上
- 合計所得3,000万円以下（2,000万円超は控除額減少）
(3) 控除額の計算
住宅ローン控除額は、年末のローン残高に控除率0.7%を乗じた金額です。控除期間と上限は住宅の種類により異なります。
| 住宅の種類 | 控除期間 | 年間上限 | 13年間の合計上限 |
|---|---|---|---|
| 認定住宅（ZEH等） | 13年 | 31.5万円 | 409.5万円 |
| 一般の新築住宅 | 13年 | 21万円 | 273万円 |
| 中古住宅 | 10年 | 14万円 | 140万円 |
4. 確定申告の手続きと流れ
(1) 必要書類の準備
住み替え売却の確定申告に必要な書類は以下の通りです。
売却側:
- 売買契約書のコピー
- 登記事項証明書（全部事項証明書）
- 仲介手数料等の領収書
- 取得時の売買契約書（減価償却計算用）
購入側（買換え特例利用時）:
- 買替先の売買契約書のコピー
- 登記事項証明書
- 住民票の写し
特例適用:
- 戸籍の附票（居住期間証明用）
- マイナンバー確認書類
国税庁の確定申告手続きガイドで最新の書類リストを確認することをおすすめします。
(2) 申告書の作成方法
確定申告書は以下の様式を使用します。
- 確定申告書B（第一表・第二表）
- 譲渡所得の内訳書（土地・建物用）
- 特例適用の計算明細書（3,000万円控除や買換え特例適用時）
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」（e-Tax）を利用すれば、画面の案内に従って入力するだけで自動計算されます。
(3) 提出期限と方法
確定申告の提出期限は、売却翌年の2月16日〜3月15日です。
提出方法:
- e-Tax（オンライン）: 自宅から24時間提出可能、還付が早い
- 税務署窓口: 必要書類を持参して提出
- 郵送: 税務署宛に簡易書留で送付
特例適用で税額がゼロになる場合でも、確定申告は必須です。申告しないと特例が適用されず、本来の税額が課税される可能性があります。
5. 特例選択の判断基準
(1) 譲渡益の大きさで判断
譲渡益が3,000万円以下なら、3,000万円特別控除で非課税になります。譲渡益が3,000万円を大きく超える場合は、買換え特例による課税繰延を検討します。
計算例:
売却価格5,000万円、取得費（減価償却後）2,500万円、譲渡費用200万円の場合
- 譲渡所得 = 5,000万円 - 2,500万円 - 200万円 = 2,300万円
- 3,000万円控除適用で非課税
(2) 住み替え先のローン有無
新居で住宅ローンを利用する場合、住宅ローン控除の方が税制メリットが大きい可能性があります。
試算例:
- 住宅ローン控除: 年間21万円×13年間 = 273万円
- 3,000万円控除で節税: 譲渡所得2,000万円×20.315% = 406万円
上記の場合、3,000万円控除の方が節税額が大きいですが、譲渡益が少ない場合は住宅ローン控除を優先し、買換え特例を選択する方が有利になります。
(3) 将来の売却予定
買換え特例は課税を繰延するだけで、将来買替先を売却する際に繰延分が課税されます。一生住み続ける予定なら問題ありませんが、将来また住み替える可能性がある場合は、3,000万円控除で完全に非課税にする方が安心です。
6. 申告時の注意事項
(1) 転勤等による空き家期間
転勤で一時的に賃貸に出していた場合でも、「住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までの売却」であれば3,000万円特別控除を適用できます。
例:
2020年4月に転勤で賃貸化 → 2023年12月31日までに売却すれば控除適用可
(2) 売却と購入のタイミング
買換え特例を利用する場合、売却前年から翌年までに買替先を取得し、翌年末までに居住する必要があります。
スケジュール例:
- 2024年に旧居売却
- 2023年〜2025年に新居取得
- 2025年12月31日までに新居入居
売却と購入のタイミングがずれると特例適用できないため、事前に計画を立てることが重要です。
(3) 申告期限内の手続き
確定申告を期限内に行わないと、特例が適用されず本来の税額が課税されるほか、無申告加算税や延滞税が課される可能性があります。
売却後は早めに必要書類を揃え、税理士に相談するか、国税庁の確定申告相談コーナーを活用しましょう。
まとめ
住み替えによる新築戸建て売却では、譲渡所得税の計算と特例選択が重要です。3,000万円特別控除は非課税枠が大きい反面、新居の住宅ローン控除と併用できません。買換え特例は課税繰延できますが、将来売却時に課税される点を理解しておきましょう。
確定申告は売却翌年の2月16日〜3月15日に必須です。特例適用で税額ゼロでも申告しなければ特例が受けられないため、必要書類を揃えて期限内に手続きを完了させることが重要です。
税務は複雑なため、不明点がある場合は税理士や税務署に相談し、ご自身の状況に最適な選択をしましょう。
よくある質問（FAQ）
Q1. 3,000万円控除を使うと新居の住宅ローン控除は使えませんか？
A. はい、売却年と前後2年間（計5年間）は併用できません。ただし買換え特例や譲渡損失の損益通算を選択した場合は、住宅ローン控除と併用可能です。譲渡益の大きさと新居でのローン利用状況により、どちらが有利か試算することをおすすめします。
Q2. 買い替え特例と3,000万円控除はどちらが有利ですか？
A. 譲渡益が大きく、新居で住宅ローンを利用する場合は買換え特例が有利です（課税繰延+住宅ローン控除併用可）。譲渡益が小さいか、新居を現金購入する場合は3,000万円控除で非課税化する方が有利です。将来の売却予定も考慮して選択しましょう。
Q3. 住み替えの確定申告に必要な書類は？
A. 売却側は売買契約書、登記事項証明書、仲介手数料等の領収書、取得時の契約書が必要です。買換え特例を利用する場合は、買替先の契約書、登記事項証明書、住民票も必要です。特例により必要書類が異なるため、税務署や税理士に確認することをおすすめします。
Q4. 転勤で一時的に賃貸に出していた場合は控除適用できますか？
A. 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までの売却であれば、3,000万円特別控除を適用できます。例えば2020年4月に転勤で賃貸化した場合、2023年12月31日までに売却すれば控除対象です。期限を過ぎると適用できないため注意が必要です。
Q5. 所有期間の判定日はいつですか？
A. 所有期間は売却年の1月1日時点で判定します。例えば2020年3月に購入した物件を2025年4月に売却する場合、2025年1月1日時点では4年10ヶ月となり、短期譲渡所得（5年以下、税率39.63%）となります。長期譲渡所得（5年超、税率20.315%）の適用を受けるには、2026年以降の売却が必要です。